上一章下載3d slicer的軟件,這章從加載數(shù)據(jù)集來弄清楚3dslicer怎么使用.

一. 加載數(shù)據(jù)集

如果沒有數(shù)據(jù)集,也可用用樣本數(shù)據(jù).

(1) "File" --> "add Data"?

可以添加圖片文件夾,(試了MP4不行,內(nèi)鏡的視頻估計(jì)不支持),添加單個(gè)圖片的話,會(huì)出現(xiàn)一些選項(xiàng),

labelMap 標(biāo)簽圖?

標(biāo)簽圖是一種用于表示圖像中特定區(qū)域的二進(jìn)制標(biāo)簽圖。? 這種圖通常用于醫(yī)學(xué)圖像處理中，表示解剖結(jié)構(gòu)、病變和其他對象的空間位置。圖像分割是制作標(biāo)簽圖的過程，可以通過手動(dòng)、半自動(dòng)或全自動(dòng)的方法進(jìn)行?1。

在3D Slicer中，標(biāo)簽圖可以用于多種用途，包括可視化某些結(jié)構(gòu)、進(jìn)行定量分析（如測量體積、表面、形狀屬性）、3D打印和遮罩處理等。通過標(biāo)簽圖，可以將處理或分析限制在特定的區(qū)域，從而更精確地分析和處理醫(yī)學(xué)圖像數(shù)據(jù)?。

制作標(biāo)簽圖的過程包括使用3D Slicer提供的多種工具和功能。例如，可以使用閾值、噴筆、畫筆、橡皮擦等功能來繪制和修改標(biāo)簽。閾值工具可以根據(jù)像素強(qiáng)度范圍選擇區(qū)域，噴筆和畫筆工具則可以用于繪制和修改標(biāo)簽圖。此外，區(qū)域生長、裁剪等功能也可以用于標(biāo)簽圖的制作和修改.

centered 居中

?原始的dicom信息頭里會(huì)帶著dicom信息,比如病人的位置,方向,間隔等.這個(gè)時(shí)候有可能展示的圖像不一定居中. 選中就是忽視掉原始的信息,重置相機(jī)位置、調(diào)整視場或?qū)ο笠苿?dòng)到場景的中心等.

包括在視圖中居中,在3D視圖中居中,在切片中居中,在模塊面板中居中.

Ignore oriention 忽視朝向 跟上面那個(gè)選項(xiàng)差不多

顏色模式?

(2) "File" --> ""add? Dicom Data"? 添加dicom數(shù)據(jù)集

添加進(jìn)去

然后加載.這個(gè)里面可以自己在slicer里面添加數(shù)據(jù)庫配置

把dicom文件直接放到這個(gè)路徑下就可以直接使用了

注意:

在醫(yī)學(xué)影像和應(yīng)用中，坐標(biāo)系統(tǒng)的差異是一個(gè)常見問題。DICOM和大多數(shù)醫(yī)學(xué)影像軟件使用LPS（左、后、上）坐標(biāo)系統(tǒng)來存儲(chǔ)所有數(shù)據(jù)，而3D Slicer的內(nèi)部表示則采用RAS（右、前、上）坐標(biāo)系統(tǒng)。為了文件兼容性，Slicer假設(shè)文件中的數(shù)據(jù)是以LPS坐標(biāo)系統(tǒng)存儲(chǔ)的，在讀寫操作期間，可能需要翻轉(zhuǎn)前兩個(gè)坐標(biāo)軸的符號以將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為RAS坐標(biāo)系統(tǒng).

當(dāng)從DICOM格式導(dǎo)入數(shù)據(jù)到Slicer時(shí)，Slicer會(huì)將LPS坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為內(nèi)部使用的RAS坐標(biāo)。反之，當(dāng)將數(shù)據(jù)從Slicer導(dǎo)出到DICOM格式時(shí)，也需要進(jìn)行相應(yīng)的坐標(biāo)轉(zhuǎn)換。

二.數(shù)據(jù)預(yù)覽.

數(shù)據(jù)加載好之后,就會(huì)看到這個(gè)節(jié)點(diǎn)

右邊視圖也能看到咱們的圖

這種是一個(gè)層級模式,病人,檢查,圖像依次向下.點(diǎn)擊“眼睛”圖標(biāo)可以在所有視圖中顯示或隱藏一個(gè)項(xiàng)目。

可以試一下,看看右邊圖像的變換

三.數(shù)據(jù)處理

3D Slicer 建立在模塊化架構(gòu)上。選擇一個(gè)模塊來處理或分析你的數(shù)據(jù)。最重要的模塊包括以下（完整列表可在模塊部分找到）：

歡迎（Welcome）：當(dāng)3D Slicer啟動(dòng)時(shí)的默認(rèn)模塊。面板提供加載數(shù)據(jù)和自定義3D Slicer的選項(xiàng)。在這些選項(xiàng)下方是包含使用3D Slicer的重要信息的下拉框。

數(shù)據(jù)（Data）：充當(dāng)中心數(shù)據(jù)組織樞紐。列出當(dāng)前場景中的所有數(shù)據(jù)，并允許進(jìn)行搜索、重命名、刪除和移動(dòng)等基本操作。

DICOM：導(dǎo)入和導(dǎo)出DICOM對象，如圖像、分割、結(jié)構(gòu)集、放射治療對象等。

體數(shù)據(jù)（Volumes）：用于改變各種體積類型的顯示效果。

體積渲染（Volume Rendering）：提供3D圖像數(shù)據(jù)的交互式可視化。

分割（Segmentations）：編輯顯示屬性和導(dǎo)入/導(dǎo)出分割。

分割編輯器（Segment Editor）：使用各種手動(dòng)、半自動(dòng)和自動(dòng)工具對3D體積進(jìn)行分割。

標(biāo)記（Markups）：允許創(chuàng)建和編輯與場景相關(guān)的標(biāo)記。

模型（Models）：加載和調(diào)整模型的顯示參數(shù)。允許用戶改變3D表面模型的外觀和組織方式。

變換（Transforms）：此模塊用于創(chuàng)建和編輯變換矩陣。你可以通過將節(jié)點(diǎn)從“可變換”列表移動(dòng)到“已變換”列表，或者通過拖動(dòng)數(shù)據(jù)模塊下“變換節(jié)點(diǎn)”下的節(jié)點(diǎn)來建立這些關(guān)系.

四.數(shù)據(jù)保存

'File' --> "save data"?

這個(gè)沒什么好說的,自己試

五.拓展

擴(kuò)展可以看作是將一個(gè)或多個(gè) Slicer 模塊捆綁在一起的交付包。安裝擴(kuò)展后，相關(guān)的模塊將作為內(nèi)置模塊呈現(xiàn)給用戶。

最后就是怎么去學(xué)這個(gè)東西,官方上推薦是這個(gè)

Documentation/Nightly/Training - Slicer Wiki

一起學(xué)習(xí),以下是涉及到一些專業(yè)名詞翻譯(可以不用看)

附錄:

• Bounds（邊界）：描述一個(gè)空間對象沿三個(gè)軸的邊界框。在VTK中由六個(gè)浮點(diǎn)值定義：X_min, X_max, Y_min, Y_max, Z_min, Z_max。

• Brightness/contrast（亮度/對比度）：指定體素值到顯示像素亮度的線性映射。亮度是線性偏移，對比度是乘數(shù)。在醫(yī)學(xué)影像中，這種線性映射通常由窗寬/窗位值指定。

• Cell（單元）：網(wǎng)格數(shù)據(jù)單元是網(wǎng)格的簡單拓?fù)湓?#xff0c;如線、多邊形、四面體等。

• Color legend（顏色圖例）：覆蓋在切片或3D視圖上的小工具，顯示顏色圖例，指示顏色的含義。

• Coordinate system（坐標(biāo)系）：由原點(diǎn)位置、軸方向和距離單位指定。3D Slicer中的所有坐標(biāo)系都是右手系。

• Extension（擴(kuò)展）：不是與核心應(yīng)用程序捆綁在一起但可以使用擴(kuò)展管理器下載和安裝的一組模塊的集合。

• Extensions manager（擴(kuò)展管理器）：Slicer的軟件組成部分，允許直接從應(yīng)用程序在擴(kuò)展目錄（也稱為Slicer應(yīng)用商店）中瀏覽、安裝、卸載擴(kuò)展。

• Extensions index（擴(kuò)展索引）：包含每個(gè)擴(kuò)展描述的存儲(chǔ)庫，擴(kuò)展目錄是從中構(gòu)建的。

• Extent（范圍）：沿三個(gè)軸的整數(shù)坐標(biāo)范圍。在VTK中由六個(gè)值定義，對于IJK軸：I_min, I_max, J_min, J_max, K_min, K_max。

• Fiducial（基準(zhǔn)點(diǎn)）：代表3D空間中的一個(gè)點(diǎn)。這個(gè)術(shù)語來源于圖像引導(dǎo)手術(shù)，其中“基準(zhǔn)標(biāo)記”用于標(biāo)記點(diǎn)位置。

• Frame（幀）：時(shí)間序列中的一個(gè)時(shí)間點(diǎn)。為避免歧義，這個(gè)術(shù)語不用于指體積的一個(gè)切片。

• Geometry（幾何）：指定3D空間中對象的位置和形狀。關(guān)于圖像幾何的定義，請參見“體積”術(shù)語。

• Image intensity（圖像強(qiáng)度）：通常指體素的值。根據(jù)選擇的窗寬/窗位和顏色查找表，從此值計(jì)算顯示像素的亮度和顏色。

• IJK：體素坐標(biāo)系統(tǒng)軸。整數(shù)坐標(biāo)值對應(yīng)于體素中心位置。IJK值經(jīng)常用作坐標(biāo)值來指定3D數(shù)組中的元素。

• ITK：Insight Toolkit。Slicer用于大多數(shù)圖像處理操作的軟件庫。

• Labelmap（標(biāo)簽圖）：具有離散（整數(shù)）體素值的體積節(jié)點(diǎn)。通常每個(gè)值對應(yīng)于特定的結(jié)構(gòu)或區(qū)域。

• LPS：左-后-上解剖坐標(biāo)系。醫(yī)學(xué)圖像計(jì)算中最常用的坐標(biāo)系。

• Markups（標(biāo)記）：用戶可以在查看器中放置的簡單幾何對象和測量?？梢允褂脴?biāo)記模塊創(chuàng)建此類對象。

• MRML：Medical Reality Markup Language。存儲(chǔ)、可視化和處理可能在醫(yī)學(xué)應(yīng)用中使用的信息對象的軟件庫。

• Model（模型）：存儲(chǔ)表面網(wǎng)格（由三角形、多邊形或其他2D單元組成）或體積網(wǎng)格（由四面體、楔形或其他3D單元組成）的MRML節(jié)點(diǎn)。

• Module（模塊）：Slicer模塊是由圖形用戶界面、邏輯組成的軟件組件，并可能提供新的MRML節(jié)點(diǎn)類型、顯示管理器、輸入/輸出插件以及各種其他插件。

• Node（節(jié)點(diǎn)）：場景中的一個(gè)數(shù)據(jù)對象。節(jié)點(diǎn)可以代表數(shù)據(jù)（如圖像或網(wǎng)格），描述其顯示方式（顏色、不透明度等）、磁盤上的存儲(chǔ)方式、對它們應(yīng)用的空間變換等。

• Orientation marker（方向標(biāo)記）：在切片視圖和3D視圖中顯示軸方向的箭頭、盒子或人形標(biāo)記。

• RAS：右-前-上解剖坐標(biāo)系。Slicer內(nèi)部使用的坐標(biāo)系。

• Region of interest (ROI)（感興趣區(qū)域）：指定3D中的盒狀區(qū)域?？捎糜诓眉趔w積、剪裁模型等。

• Registration（配準(zhǔn)）：在空間中對齊對象的過程。配準(zhǔn)的結(jié)果是一個(gè)變換，它將“移動(dòng)”對象變換到“固定”對象。

• Resolution（分辨率）：體積的體素大小，通常以mm/像素指定。

• Ruler（標(biāo)尺）：可能指視圖標(biāo)尺或標(biāo)記線距離測量工具。

• Scalar component（標(biāo)量分量）：向量的一個(gè)元素。標(biāo)量分量的數(shù)量意味著向量的長度。

• Scalar value（標(biāo)量值）：一個(gè)簡單的數(shù)字，通常是浮點(diǎn)數(shù)。

• Scene（場景）：這是當(dāng)前加載到應(yīng)用程序中的所有數(shù)據(jù)以及有關(guān)如何顯示或使用這些數(shù)據(jù)的附加信息所包含的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。

• Segment（段）：對應(yīng)于分割中的單個(gè)結(jié)構(gòu)。

• Segmentation（分割）：在圖像中描繪3D結(jié)構(gòu)的過程。分割也可以指分割過程的結(jié)果MRML節(jié)點(diǎn)。

• Slice（切片）：3D對象與平面的交集。

• Spacing（間距）：體積的體素大小，通常以mm/像素指定。

• Transform（變換）：可以將任何3D對象從一個(gè)坐標(biāo)系變換到另一個(gè)坐標(biāo)系。

• Volume（體積）：存儲(chǔ)3D體素?cái)?shù)組的MRML節(jié)點(diǎn)。

• Voxel（體素）：3D體積的一個(gè)元素，它有一個(gè)長方體的形狀。

• VR：縮寫，可以指體積渲染或虛擬現(xiàn)實(shí)。

• VTK：Visualization Toolkit。Slicer用于數(shù)據(jù)表示和可視化的軟件庫。