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1. 數(shù)據(jù)

今天，我們將繼續(xù)回顧我們在上一次中研究的 Myc ChIPseq。這包括用于 MEL 和 Ch12 細(xì)胞系的 Myc ChIPseq。

• 可在此處^[1]找到 MEL 細(xì)胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件
• 可在此處^[2]找到 Ch12 細(xì)胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件

在數(shù)據(jù)目錄中，我們按照上一節(jié)中概述的處理步驟提供了來自 MACS2 的峰值調(diào)用。

MEL 和 Ch12 細(xì)胞系中 Myc 的峰值調(diào)用可以在：

data/peaks/

• data/peaks/Mel_1_peaks.xls
• data/peaks/Mel_2_peaks.xls
• data/peaks/Ch12_1_peaks.xls
• data/peaks/Ch12_1_peaks.xls

2. ChIP Peaks

在上一節(jié)中，我們回顧了如何使用 MACS2 等峰值調(diào)用程序識別假定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。

library(GenomicRanges)
macsPeaks?<-?"data/peaks/Mel_1_peaks.xls"
macsPeaks_DF?<-?read.delim(macsPeaks,comment.char="#")
macsPeaks_GR?<-?GRanges(seqnames=macsPeaks_DF[,"chr"],
????????????????????????IRanges(macsPeaks_DF[,"start"],macsPeaks_DF[,"end"]))
mcols(macsPeaks_GR)?<-?macsPeaks_DF[,c("abs_summit",?"fold_enrichment")]
macsPeaks_GR[1:5,]

3. 基因注釋

由于轉(zhuǎn)錄因子，如名稱所示，可能調(diào)節(jié)其靶基因的轉(zhuǎn)錄，我們使用 ChIPseeker 包將代表潛在轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合事件的峰與其重疊或最接近的 mm10 基因相關(guān)聯(lián)。

library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(ChIPseeker)
peakAnno?<-?annotatePeak(macsPeaks_GR,?tssRegion=c(-1000,?1000),?
?????????????????????????TxDb=TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,?
?????????????????????????annoDb="org.Mm.eg.db")

這使我們能夠生成峰及其預(yù)測目標(biāo)基因的 GRanges 或數(shù)據(jù)框。

annotatedPeaksGR?<-?as.GRanges(peakAnno)
annotatedPeaksDF?<-?as.data.frame(peakAnno)
annotatedPeaksDF[1:2,?]

參考資料